2014 年 9 月，正值柯文哲角逐臺北市長選舉，其參與「台北市民核安，市長怎麼想？」會議，針對若核一、核二廠發生核災民眾該如何疏散議題表示，「不管花了幾小時疏散，這幾十萬、百萬人能到哪裡？」柯文哲強調，一旦發生核災，台灣就是滅國。 「核災疏散的劇本我不會寫，因為根本無解。」柯文哲表示，曾找了國家防災中心、化學災害的專家給他上課，不管是颱風、地震、洪水、火災、毒化、甚至恐怖攻擊都討論該如何因應，但「到了核災，就停掉了」因為沒有人有辦法處理，討論就此中斷。柯文哲重提當年在台大醫院服務時，台大醫院提不出相關應變對策一事。「台大自己都在要疏散的範圍內了，又如何談應變？」柯文哲表示，台大醫院擁有的設備根本不足以應變大規模核化災。 柯文哲強調，既然目前看來核四不可能運轉，那麼核一二廠就該儘速除役。他指出，要走向非核家園，便要先做好「準備工作」，也就是產業轉型、替代能源與節能。柯文哲批馬政府刻意「擺爛」，對這3點採「不作為」態度，逼人民選擇核能。

2016 年柯文哲出席出席北北桃基防災生活圈時表示，臺灣它有特殊的地理結構，因為臺灣太小了，如果像中國這麼大的國家才有辦法用核電廠，因為它可以把核廢料藏在沙漠裡、沒有人口的地方，所以核能發電在某些國家它是合理的，可是臺灣就是地理位置的問題無法發展核電。 柯文哲強調，他不是反對核能，是反對臺灣發展核能。

2021 年台灣民眾黨因應重啟核四公投舉辦「未來能源轉型」研討會，柯文哲在會上表示，核災事故疏散，不管是核一、核二、核四，要畫半徑 30 公里的疏散圈，要疏散幾十萬人，沒人有辦法寫出疏散計畫，這是現實問題。 柯文哲表示，有人說在福島核災後核電廠安全度提高，但核廢料還是無法處理，而且臺灣出現核災大概就是滅國了，大家是否願意承擔這樣的後果，必須要拿出來討論。