從李登輝政府到馬政府所簽署的各項協議，都是所謂的「功能性合作」，比如像兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議，牽涉到資訊交換、協查偵辦及人員遣返；或是兩岸醫藥衛生合作協議，包括疫情通報、藥品合作、檢疫合作等等，都需要通過功能性合作來協助民眾。